《秘密列车》的情节如下： - **特务破坏与初步调查** - **列车遇袭**：故事开始于上世纪五十年代，国家组织著名核科学家成立专家小组，准备乘秘密列车开赴大西北某核武试验基地。龙飞伪装成列车员负责保护核研究专家。途中，他发现有不明身份的人潜入列车，经过排查，识破并逮捕了假冒的李兵。然而，特务还未来得及招供，列车就因铁轨上的不明包裹紧急停车，随后秘密车厢爆炸，玻璃门上出现带血的梅花标记，表明此事与特务梅花党有关。 - **调查线索**：通过甘谷公安提供的线索，龙飞审讯了不明包裹的投掷者甘小二，确认他与火车爆炸和碎尸案无关。专案组对碎尸进行分析和拼接，确定了埋尸地点，龙飞等人前往甘谷展开调查。 - **案件推进与新的危机** - **发现死者**：龙飞在甘谷经过仔细勘察，在公交车站发现了残存的第一死者尸体，死者丈夫的冷漠态度引起了龙飞的怀疑，对死者家的搜查确定这里是第一杀人现场。之后又陆续发现了第二死者、第三死者，龙飞等人根据线索不断追踪，锁定了嫌疑人尹大龙，但尹大龙故意消失并向龙飞下了战书。 - **教授失踪**：龙飞等人再次接到保护核专家杨教授去基地的任务，然而尹大龙与曲浩然搭讪，分散龙飞注意力，趁机使杨教授失踪，尹大龙也随后逃跑，营救行动失败。 - **成立专案组与深入调查** - **成立专案组**：龙飞等人回北京的列车上与辛红羽相遇，汇报情况后，上级委派龙飞等人成立梅花党专案组。他们调查所有可能走漏杨佑亭消息的人，将目标锁定为谢宝音家。 - **追踪特务**：在监控谢宝音家时，尹大龙与送信邮差秘密会面，邮差被杀，尹大龙假扮邮差潜逃。龙飞等人根据线索，对邮筒实施监控，发现尹大龙可能要对杨教授儿子杨灿进行威胁，于是对杨灿进行秘密保护，并追踪到了特务上线。 - **卧底与周旋** - **获取信任**：周明天一次次试探龙飞，肖克对周明天家实施监控，但被龙飞化解。杜明明是卧底在龙飞身边的人员，她瞒着肖克与周明天接触。龙飞通过各种方式获取了周明天的信任，并得到了他的一些重要信息，成功破解了电报密码。 - **解救教授**：周明天带龙飞执行任务，龙飞在新挂的车厢上发现了杨教授，并与肖克联系将其成功救出。但对方的真正目的并非交易，而是要除掉周明天，龙费劲心思回到周明天身边继续卧底。 - **真相渐明与结局** - **杜明明遇害**：龙飞发觉中了周明天的调虎离山计，与肖克等人赶到体育场寻找周明天时，发现了杜明明的尸体，最终肖克等人在周明天的藏身处将其抓获。 - **案件终结**：龙飞在护送杨教授去西北的列车上，识破了冒牌杨教授，之后周明天使计逃出公安局，龙飞追赶并在火车上与辛红羽偶遇。最后，龙飞在山里找到了尹大龙和杨教授，尹大龙被击毙，杨教授获救，周明天也被击毙。辛红羽告知龙飞发现的疑点，伍星进入了龙飞的视线，故事到此告一段落。
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